抗菌素治疗活动性沙眼感染人群是相当重要的，自从二十世纪五十年代早期，沙眼的治疗主要依靠长期局部使用四环素。

沙眼衣原体对一些抗生素包括磺胺类药物、红霉素和四环素敏感。四环素眼膏因其价格低效果*，因此得到广泛使用。四环素在短期降低炎症性沙眼的患病率和严重性是有效的，但这种治疗被认为是抑制性的，而不是治好性的，故需长期使用才能加强其疗效。1%四环素眼膏，每日2次，共计6个月。或间断治疗，2次/每日，连续5天/月。或1日/月，连续10天/月，至少连续用药6个月/年。

个体局部使用四环素将导致沙眼衣原体感染的消失和继发性细菌感染的降低。这将短期降低现存的和严重的眼部感染，而眼外的衣原体感染并没有受到影响，眼部会发生自身的再感染。

此外，如果在一个经过抗生素治疗的社区内，不是所有的感染的人得到有效的治疗，则衣原体的传播会重新开始。

对于流行地区应采取群体治疗和家庭治疗，即对活动性沙眼的患者群体或个体/家庭局部抗生素治疗，对于严重患者应附加全身抗生素治疗，较初使用磺胺，但后来被四环素、土霉素或强力霉素所取代。口服四环素：250mg，每天4次，共3周。或强力霉素100mg，每天1次，共3周。

对于儿童或孕妇推荐使用红霉素250 mg，每天4次，共3周。

较近在冈比亚、埃及和沙特阿拉伯的研究显示，成人快速性口服1克阿奇霉素对治疗沙眼衣原体病有良好的疗效，然而阿奇霉素价格昂贵，是一个值得关心的问题。