虽然不同飞秒激光系统的脉冲频率、脉冲持续时间、脉冲能量、焦点密集程度、点间距、行间距、角膜表面与负压接触镜的接触方式各有不同，但是基本原理是相似的，手术时为了达到比较理想得效果，减少对角膜组织的副作用，相关激光参数和手术技巧均需要认真进行分析，并给予参数组合优化和必要的调整。比如：脉冲宽度与激光能量设置的关系，一般来讲，激光的脉冲持续时间越长，相应就需要越大的能量进行光切割，但是脉冲能量越大，副作用可能会越大。脉冲持续时间长，将会产生更多的额外热量、振动、声波等，可以烧灼、融合、或者改变激光扫描区域周围的组织。当然有时也会利用这种对周围组织的影响进行治疗，例如：ND：YAG激光每一个脉冲的持续时间是10-9，对晶状体囊膜的切开就依赖于这种激光对组织的破坏作用。ND：YAG是一种纳秒激光，脉冲持续时间在纳秒级的激光需要形成等离子体的较低脉冲能量为1mJ左右，此外，我们所熟知的准分子激光也属于纳秒激光。

准分子激光的光消融作用在组织的表面，产生的额外热量和气化的物质很容易在空气中消散，所以几乎所有的准分子激光系统都有一个抽吸管装置，吸除这些空气中飘散的物质，同样，准分子激光有时还会对组织产生热效应，只是不同品牌的准分子激光，产生的热效应高低不同而已，并非像一些厂家和医疗机构所宣传的所谓“冷激光”。

飞秒激光则不同，脉冲持续时间非常短暂，在热和振动波扩散到周围组织之前，能量和激光产生的物质就已经消散。当激光脉冲持续时间缩短时，单位时间内可以获得更高的功率密度，产生光切割作用所需的脉冲能量明显下降。减少飞秒激光脉冲的能量可以较大限度减少激光对周围组织的损害，这种损害小到几乎可以忽略不计，这也是飞秒激光技术目前在眼科其他专业，尤其是白内障手术中广泛使用的重要原因，也是全飞秒激光Smile手术被称为未来角膜屈光手术趋势的主要因素。